San Juan atau lebih dikenali sebagai Perbandaran San Juan merupakan sebuah perbandaran di wilayah Siquijor, Filipina. Perbandaran ini mempunyai jumlah penduduk seramai 14,854 dalam isi rumah 3,572. Ia mempunyai luas 44.37 kilometer persegi dan ketinggian 12.2 meter di atas permukaan laut. Ia diberikan dengan kod kawasan telefon +63 (0)35 dan poskod 6227.